ทอมัสเป็นชายหนุ่มที่ทะเยอทะยาน ด้วยความเป็นพระราชโอรสคนเล็กพระองค์จึงต้องหาที่ดินและความมั่งคั่งมาให้ตัวเอง พระองค์ต้องการให้ทรัพย์สินที่ดินของตระกูลเดอ โบฮันเป็นของพระชายาแต่เพียงผู้เดียว เพื่อที่จะได้เป็นของพระองค์ทั้งหมดในอีกต่อหนึ่ง ว่ากันว่าพระองค์กับเอเลนอร์ได้เกลี่ยกล่อมให้แมรีซึ่งยังเด็กมากบวชเข้าคอนแวนต์เพื่อจะได้สละสิทธิ์ในมรดกส่วนของเธอ แต่ก็เป็นไปได้ว่าการบวชเข้าคอนแวนต์อาจเป็นความประสงค์ของแมรีเอง ครอบครัวของเธอไม่ได้เกี่ยวอะไรด้วย เนื่องจากในยุคนั้นการบวชเข้าคอนแวนต์ของหญิงสาวจากตระกูลชนชั้นสูงไม่ใช่เรื่องแปลกและคนที่มีเส้นสายดีอย่างแมรีสามารถขึ้นเป็นพระอธิการิณีได้ไม่ยาก ทว่าเอลิซาเบธ เดอ โบฮัน อาของแมรีและเอเลนอร์ซึ่งสมรสกับริชาร์ด ฟิตซ์อลัน เอิร์ลแห่งอารันเดล ชายผู้ทรงอิทธิพลที่สุดคนหนึ่งของประเทศได้สมคบคิดกับจอห์นแห่งกอนท์ พระเชษฐาของทอมัส วางแผนจะจับแมรีสมรสกับเฮนรีแห่งบอลิงบรูก เอิร์ลแห่งเดอร์บี บุตรชายคนเดียวที่เหลืออยู่ของกอนท์ ด้วยความช่วยเหลือของโจน มารดาของแมรี แมรีได้ถูกพาตัวออกจากปราสาทเพลชีย์ไปที่ปราสาทอารันเดลซึ่งเป็นบ้านของริชาร์ด ฟิตซ์อลันโดยแกล้งทำเป็นว่าเธอจะไปเยี่ยมเอลิซาเบธ เดอ โบฮันผู้เป็นอา

ไม่มีใครรู้ว่าใจจริงแล้วแมรีอยากสมรสหรืออยากบวช แต่ในช่วงฤดูร้อนของปี ค.ศ. 1380 เธอได้เข้าพิธีสมรสกับเฮนรีแห่งบอลิงบรูก โดยแมรีน่าจะมีอายุอยู่ในช่วง 11–12 ปี ส่วนเจ้าบ่าวของเธอมีอายุอยู่ในช่วง 13–14 ปี พิธีสมรสน่าจะจัดขึ้นที่โรชฟอร์ดฮอลล์ บ้านของโจน มารดาของแมรี กอนท์กับโจนบรรลุข้อตกลงสมรสโดยมีข้อแม้หนึ่ง คือ ให้แมรีกับเฮนรีแยกกันอยู่จนกว่าแมรีจะมีอายุ 16 ปี และจอห์นจะเป็นคนออกค่าใช้จ่ายในการเลี้ยงดูแมรี ว่ากันว่าทอมัสแห่งวูดสต็อกเคืองพระเชษฐาที่ทำลายแผนการของพระองค์ ความสัมพันธ์ของทั้งคู่จึงย่ำแย่ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา

แมรีอยู่กับมารดาอีกหลายปีจนกระทั่งถึงวัยที่สามารถอยู่กินกับเฮนรีได้ แต่บันทึกบางฉบับกล่าวว่าเธอกับเฮนรีได้ฝ่าฝืนค่ำสั่งลักลอบมีสัมพันธ์กันจนแมรีตั้งครรภ์และให้กำเนิดบุตรคนแรกในปี ค.ศ. 1382 ขณะมีอายุเพียง 14 ปี บุตรคนแรกของทั้งคู่เป็นบุตรชายซึ่งเกิดที่ปราสาทมอนมัธทางตะวันออกเฉียงใต้ของเวลส์ ทว่าทารกน้อยมีชีวิตอยู่ได้ไม่กี่วัน ในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1384 แมรีได้รับการรับรองว่าบรรลุนิติภาวะ เธอได้ย้ายไปอยู่ในครัวเรือนของสามีและได้ติดตามสามีเดินทางไปลอนดอนเพื่อเข้าไปมีส่วนร่วมในการบริหารบ้านเมืองของพระเจ้าริชาร์ดที่ 2 ในปี ค.ศ. 1385 เฮนรีกับแมรีใช้เวลาในช่วงคริสต์มาสด้วยกันในเลสเตอร์ ต่อมาแมรีได้ตั้งครรภ์และให้กำเนิดบุตรคนโตของทั้งคู่ซึ่งเป็นบุตรชายชื่อว่าเฮนรี (ต่อมาคือพระเจ้าเฮนรีที่ 5) ขณะมีอายุได้ 18 ปี

ปีต่อมาขณะที่เฮนรี กอนท์ และทอมัส (ขณะนั้นดำรงตำแหน่งเป็นดยุคแห่งกลอสเตอร์) ขัดแย้งทางการเมืองกับพระเจ้าริชาร์ดที่ 2 มากขึ้น แมรีได้ให้กำเนิดทอมัส บุตรชายคนที่สอง บันทึกบางฉบับกล่าวว่าแมรีได้แท้งบุตรในช่วงฤดูร้อนของปี ค.ศ. 1388 แต่เธอก็ตั้งครรภ์อีกครั้งในเดือนกันยายนและได้ให้กำเนิดจอห์น บุตรชายคนที่สามในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1389 ระหว่างนั้นเฮนรีได้เข้าร่วมประชุมรัฐสภาและใช้เวลาส่วนใหญ่ในกรุงลอนดอน ขณะที่แมรีพักอยู่นอกลอนดอน พระองค์อาจแวะเวียนมาหาเธอเป็นครั้งคราว

ในปี ค.ศ. 1389 กอนท์กลับมาอังกฤษหลังจากเดินทางไปต่างแดนสามปี ครอบครัวได้ใช้เวลาด้วยกันในช่วงคริสต์มาสที่ปราสาทเฮริฟอร์ด ในเดือนมกราคมกอนท์และเฮนรีเดินทางไปลอนดอน ส่วนแมรีกับครัวเรือนของเธอเดินทางไปที่ปราสาทเคนิลเวิร์ธ ในช่วงนั้นเองที่เฮนรีตัดสินใจจะเดินทางไปแสวงบุญที่เยรูซาเล็ม ในเดือนตุลาคมแมรีให้กำเนิดบุตรชายคนที่สี่ที่ตั้งชื่อว่าฮัมฟรีย์ตามชื่อบิดาของเธอ เฮนรีกลับมาอังกฤษอย่างปลอดภัยในช่วงฤดูใบไม้ร่วงปี ค.ศ. 1391 สองสามีภรรยาใช้เวลาส่วนใหญ่ของช่วงฤดูร้อนและช่วงต้นฤดูใบไม้ผลิด้วยกันที่ปราสาทเคนิลเวิร์ธกับลูกๆ เมื่อเฮนรีเดินทางไปลอนดอนเพื่อเข้าร่วมประชุมรัฐสภา มีบันทึกกล่าวว่าพระองค์ได้ส่งแอปเปิลและลูกแพร์มาให้ภรรยาซึ่งกำลังตั้งครรภ์บุตรคนที่ห้า ในฤดูใบไม้ผลิของปีนั้นเธอได้ให้กำเนิดบุตรสาวคนแรกที่ตั้งชื่อว่าบลานช์ตามชื่อของมารดาที่ล่วงลับไปนานแล้วของเฮนรี ในตอนนั้นสามีของเธออยู่กับบิดาของเขาในเมืองกาแล

หลายเดือนต่อมาเฮนรีกลับมาแต่ก็ไม่นานเขาก็มีแผนจะออกไปผจญภัยครั้งใหม่ในปรัสเซีย ปราก เวียนนา เวนิซ และเยรูซาเล็มซึ่งกอนท์ได้ให้การสนับสนุนและให้เงินทุนในการเดินทาง เฮนรีจากไปประมาณหนึ่งปี ในช่วงนั้นแมรีได้ใช้ชีวิตอยู่อย่างเงียบๆ กับลูกๆ เหมือนเช่นที่ผ่านมา เฮนรีกลับมาอังกฤษในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1393 เขาได้ขึ้นเหนือไปช่วยกอนท์ปราบกบฏ สองสามีภรรยาได้กลับมาอยู่ด้วยกันอีกครั้งในเดือนกันยายนและแมรีได้ตั้งครรภ์บุตรคนที่หก ในช่วงที่เธอตั้งครรภ์เฮนรีใช้เวลาส่วนใหญ่อยู่ในกรุงลอนดอน มีบันทึกว่าเขาได้ส่งหอยแมลงภู่และหอยนางรมมาให้ภรรยา ปลายเดือนมีนาคม กอนส์ตันซาแห่งกัสติยา พระชายาของกอนท์สิ้นพระชนม์ ไม่กี่อาทิตย์ต่อมาแมรีเข้าสู่ช่วงเก็บตัวเพื่อเตรียมคลอดและในเดือนมิถุนายนของปีนั้นเธอได้ให้กำเนิดบุตรสาวคนที่สองที่ตั้งชื่อว่าฟิลิปปาตามชื่อของพระนางฟิลิปปาแห่งแอโน ย่าของเฮนรีซึ่งเป็นพระราชินีคู่สมรสของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 3

ทว่าหลังให้กำเนิดฟิลิปปาได้ไม่นานแมรีก็ถึงแก่กรรมที่ปราสาทปีเตอร์โบโรด้วยวัย 25 ปี ไม่มีใครทราบถึงสาเหตุการตายที่แน่ชัด นักประวัติศาสตร์ไม่มั่นใจว่าเธอเสียชีวิตระหว่างคลอดหรือเสียชีวิตจากการติดเชื้อหลังคลอด ในตอนนั้นร่างของกอนส์ตันซาแห่งกัสติยา มารดาเลี้ยงของพระสวามีของแมรียังไม่ได้รับการฝัง สุดท้ายพิธีศพของกอนส์ตันซาถูกจัดขึ้นในเลสเตอร์ในวันที่ 5 กรกฎาคม ส่วนของแมรีถูกจัดขึ้นในวันต่อมา หลายปีต่อมาเมื่อบุตรชายของเธอได้ขึ้นครองราชย์เป็นพระเจ้าเฮนรีที่ 5 พระองค์ได้สั่งให้ทำรูปปั้นแกะสลักหลุมศพทองแดงให้หลุมฝังศพของเธอ

เนื่องจากถึงแก่กรรมก่อนที่สามีของเธอจะปลดพระเจ้าริชาร์ดที่ 2 ลงจากบัลลังก์ในปี ค.ศ. 1399 แมรีจึงไม่ได้เป็นพระราชินีคู่สมรสแห่งอังกฤษ ในช่วงที่มีชีวิตอยู่เธอได้ดำรงยศเป็นเพียงเคาน์เตสแห่งเดอร์บี ไม่มีใครรู้ว่าความสัมพันธ์ระหว่างแมรีกับพระเจ้าเฮนรีเป็นไปในทิศทางไหน แต่ดูจากจำนวนบุตรที่ทั้งคู่มีด้วยกันและจากการที่พระเจ้าเฮนรีพยายามปลีกตัวจากลอนดอนมาใช้เวลาอยู่กับเธอทำให้คาดเดากันว่าทั้งคู่รักกัน หรืออย่างน้อยก็เป็นมิตรที่ดีต่อกัน หลักฐานทั้งหมดบ่งชี้ว่าทั้งคู่มีชีวิตครอบครัวที่มีความสุข